Церковь - древнейший храм оборонного типа на территории Беларуси. Существует легенда, что Сынковичскую церковь основал великий князь Витовт в благодарность за то, что в местных лесах он спасся от погони Ягайло. Однако современные искусствоведы и историки архитектуры сходятся во мнении, что храм был построен в начале XVI в. возможно на средства великого гетмана Литовского Константина Острожского, фундатора похожих Троицкой и Пречистенской церквей в Вильне.
В 1926 году церковь стала филиалом новициата иезуитской миссии в Альбертине (Слоним) и центром грекокатолического прихода. Вновь открыта как православная в 1988-90 гг.
