В начале XVII века пожар уничтожил деревянные строения обители, и в 1633 году князья Огинские выделили средства на строительство нового монастыря и возведение деревянной церкви, которую освятили в честь Богоявления Господня, была также построена «школа для науки детям христианским». Новый пожар 1757 года снова уничтожил все монастырские постройки. В 1761 году была заложена новая каменная церковь, собор был освящен 5 августа 1777 года.
Богоявленская церковь сегодня представляет собой крестово-купольный одноапсидный храм с двумя одноярусными башнями на западном фасаде. Завершается церковь высоким световым барабаном со сферическим куполом. В западной части храма над входом – хоры с кованной декоративной оградкой. Сохранились росписи, настенная живопись в технике темперы второй половины XVIII в., живописные трехметровые фигуры трех святителей.
Жилой корпус Г-образный в плане. В восточном крыле его размещались кельи монахов, помещение для игумена, в угловой части корпуса было две теплые церкви – св. Екатерины и св. Евфросиньи. Комплекс монастыря является памятником архитектуры барокко с элементами классицизма. Предполагают, что при строительстве монастыря был использован в XVIII в. проект известного петербургского зодчего Джакомо Кваренги.
В годы советской власти в здании храма был спортзал. После реставрации с 1981 г. в церкви Богоявления почти 10 лет была картинная галерея. В 1991 г. храм передан православной епархии и теперь является кафедральным собором Полоцко-Глубокской епархии. В здании бывшего братского корпуса сейчас находится Полоцкий музей белорусского книгопечатания и Музей-библиотека Симеона Полоцкого. В музее книгопечатания проводятся читательские конференции и встречи с белорусскими литераторами.
