У фондах музея захоўваецца 166123 прадмета асноўнага фонду і 56907 прадметаў навукова-дапаможнага матэрыяла па стане на 01.01.2013 года. Музейны збор налічвае больш за 20 калекцый, частка якіх з'яўляецца унікальнымі. Гэта археалагічная, нумізматычная, этнаграфічная калекцыі, а таксама калекцыя прадметаў выяўленчага і дэкаратыўна-прыкладнога мастацтва, якія паступілі з Брэсцкай мытні і якія з'явіліся асновай экспазіцыі аднаго з філіялаў.
Музей мае 4 філіяла:
Філіял «Археалагічны музей "Бярэсце"». Адчынены 2 Сакавіка 1982 на Шпітальным востраве (Валынскім умацаванні) Брэсцкай крэпасці на месцы дзядзінца старажытнага горада Бярэсця. З 1969 па 1981 гг. і ў 1988 г. пад кіраўніцтвам доктара гістарычных навук прафесара Лысенка Пятра Фёдаравіча праводзіліся раскопкі, у выніку якіх былі выяўлены больш за 220 драўляных пабудоў XI - XIII стст., тры вулічныя маставыя, частаколы, шматлікія прадметы матэрыяльнай культуры таго часу. У цэнтры павільёна - раскоп, які займае плошчу 1134 м2. На глыбіні 4 метраў знаходзіцца частка рамеснага квартала - 28 драўляных жылых і гаспадарчых пабудоў XIII ст., Дзве вулічныя маставыя, частакол, рэшткі глінабітных печаў. Па абодвум бакам раскопу размешчаны экспазіцыйныя залы агульнай плошчай 252 м2. У экспазіцыі музея прадстаўлена каля 1000 прадметаў, якія раскрываюць наступныя тэмы: ўзнікненне і гісторыя старажытнага горада Бярэсце, планіроўка і забудова горада, жалезаапрацуючае рамяство, апрацоўка каляровых металаў, костарэзнае, гарбарнае рамёствы, прадзенне і ткацтва, ганчарства і дрэваапрацоўка, рэканструкцыя жылля бярэсцяніна (XIII ст.), земляробства, жывёлагадоўля, паляванне і рыбалоўства, гандаль, культура, а таксама гісторыя даследавання Бярэсця. У музеі працуюць два сувенірных кіёска.
Філіял «Выратаваныя мастацкія каштоўнасці». Адчынены 4 лютага 1989 года. Ён размяшчаецца ў маляўнічым будынку сядзібнага тыпу, якое было пабудавана ў 1925 - 1927 гг. па праекце польскага архітэктара Ю.Лісецкага і цяпер з'яўляецца помнікам архітэктуры. Гэта адзіны ў Беларусі музей, экспазіцыя якога складаецца з твораў мастацтва і прадметаў антыкварыяту, канфіскаваных мытнікамі пры спробе іх незаконнага вывазу за мяжу. У дзесяці залах пастаяннай экспазіцыі прадстаўлена больш за 300 экспанатаў. Самая шырокая і каштоўная частка збору музея - руская іканапіс XVI - пачатку XX стагоддзя. Найбольш старажытныя іконы ў экспазіцыі датуюцца XVI стагоддзем. У іх ліку - «Спас у сілах», «Маці Божая Уладзімірская», «Дабравешчанне». Ювелірнае мастацтва прадстаўлена вырабамі сусветна вядомай фірмы Фабержэ, іншых ювелірных фірмаў Расіі, сярэбранымі каўказскімі паясамі і кінжаламі. Музей мае невялікую, але разнастайную калекцыю фарфору вытворчасці вядомых еўрапейскіх заводаў. На шматлікіх выставах экспануюцца творы беларускага і замежнага мастацтва, творчыя працы навучэнцаў мастацкіх школ і студый Брэста, праводзяцца персанальныя выставы мастакоў Брэстчыны.
Філіял «Камянецкая вежа». Камянецкая вежа - унікальны помнік старажытнарускага абароннага дойлідства другой паловы XIII стагоддзя. Пабудавана паміж 1276-1288 гг. на беразе ракі Лясной па ўказанні Валынскага князя Уладзіміра Васількавіча. У плане вежа круглая. Уверсе трохі вузей, не мае вертыкальных і гарызантальных чляненняў. Унутры вежа падзелена на 5 ярусаў (паверхаў). Над верхнім ярусам размешчаны купальны звод. З 5 яруса на верхнюю пляцоўку вядзе каменная лесвіца-ход, якая праходзіць ў тоўшчы сцяны. 4 Верасня 2005 г. адкрыта новая экспазіцыя, якая займае плошчу 313,2 м2 і размяшчаецца на пяці паверхах вежы ў пяці экспазіцыйных залах. На першым ярусе - рэканструкцыя фрагмента жыцця вежы канца XIII стагоддзя. Другі ярус музея прысвечаны археалагічнаму вывучэнню г. Камянца і Камянецкага раёна. Трэці ярус вежы распавядае аб палітычным, эканамічным, культурным жыцці Камянца ў складзе Вялікага Княства Літоўскага (XIV - XVII стст.). У чацвёртым ярусе вежы распавядаецца аб развіцці абарончага дойлідства Беларусі кон. XIII - пач. XVII стст., аб вежах Заходняга рэгіёну, пабудаваных паміж XIII - пач. XVI стст., пра рэстаўрацыі Камянецкай вежы. Пяты ярус вежы прысвечаны ваеннай гісторыі Камянца і Камянецкай вежы. На плошчы каля вежы арганізаваны продаж сувенірнай прадукцыі.
Філіял «Мастацкі музей». Адчынены 17 мая 2002 года ў Паўднёвай казарме Брэсцкай крэпасці. У аснову філіяла легла калекцыя выяўленчага і дэкаратыўна-прыкладнога мастацтва Брэсцкага абласнога краязнаўчага музея. У музеі 10 экспазіцыйных залаў, плошчай 1100 м2 і дзве выставачныя залы плошчай 140 м2. Экспазіцыя храналагічна ахоплівае ўвесь перыяд існавання Брэсцкай абласной арганізацыі Саюза мастакоў Беларусі і дазваляе ўявіць шлях развіцця выяўленчага мастацтва Брэстчыны другой паловы ХХ і пачатку ХХІ стагоддзя. Асобнай экспазіцыяй прадстаўлена дэкаратыўна-прыкладное мастацтва прафесійных майстроў, а таксама народная мастацкая творчасць: ткацтва і вышыўка, ганчарства, салома-і лозапляценне, роспіс па дрэве і шкле, мастацкая апрацоўка дрэва, творы самадзейных мастакоў.
Другая серада кожнага месяца ўстаноўлена днём бясплатнага наведвання музея.