Гімназія расчыніла свае дзверы для школьнікаў 1 ліпеня 1906. Будынак школы знаходзіўся ў цэнтры Бабруйска, на скрыжаванні чатырох вуліц, сярод аднапавярховых каменных будынкаў. Спачатку яна была 7-класная. Пазней былi уведзены 8-й педагагічны і падрыхтоўчыя класы. Каля 400 вучаніц навучаліся ў Аляксееўскай гімназіі ў перыяд з 1908 па 1909 гады. Тут вывучалі Закон Божы, матэматыку, фізіку, прыродазнаўства, геаграфію, чыстапісанне, маляванне і рукадзелле. У гімназіі былі таксама ўрокі рускай мовы. Вывучэнне нямецкай, французскай, лацінскай моў было неабавязковым. У гімназіі выкладалі выпускнікі Пецярбургскага універсітэта, Віленскага вышэйшага жаночага вучылішча і іншых прэстыжных адукацыйных устаноў.
Гімназія была платнай. Яна фінансавалася за кошт грамадскіх сродкаў.
У 1921 годзе ў будынку Славянскай гімназіі была адкрыта савецкая школа імя Янкі Купалы. З 1930 года і да пачатку Вялікай Айчыннай вайны тут размяшчаўся працоўны факультэт. Потым дзейнічала педвучылішча. Пасля будынак быў вернуты школе. У 1969 годзе тут быў заснаваны музей ім. Леніна. Пазней на тэрыторыі школы адкрылася зала Баявой і Працоўнай Славы.
У 1993 годзе найстарэйшай навучальнай установе ў Бабруйску вярнулі яе першапачатковую назву - Славянская гімназія, аднак у 2009 годзе зноў перайменавалі ў гімназію № 3.
Славянская гімназія адкрыта і сёння. Яна размяшчаецца ў каменным двухпавярховым доме з мезанінам, над якім пабудавана драўляная вежа пірамідальнай формы. Навучальны працэс у гімназіі складаецца з трох узроўняў: першы - падрыхтоўчы (4-я класы), другi (5-9 класы) і трэцi (10-11 класы). У навучальнай установе працуюць розныя гурткі, факультатывы і курсы.