Францысканцы з”явіліся ў рэгіёне яшчэ ў 1323 годзе па асабістым запрашэнні Вялікага князя літоўскага Гедыміна. Аднак каталіцкаму манаскаму ордэну запатрабавалася каля ста гадоў, каб пабудаваць у Навагрудку свой храм - касцёл Святога Антонія. Спачатку ён быў выкананы з дрэва, а ўжо ў эпоху позняга барока - з каменя. Для архітэктуры касцёла Святога Антонія была характэрна некаторая асіметрыя, аднак, нягледзячы на гэта, храм быў вельмі кампактным.
Усе будаўнічыя работы былі скончаны ў 1780 годзе. Але ў 1831 годзе францысканцы былі вымушаныя пакінуць манастыр. Пазней ён быў перададзены праваслаўнаму ведамству. У 1846 годзе касцёл Святога Антонія стаў праваслаўнай царквой Св. Мікалая, названай у гонар расійскага імператара Мікалая І.
Неўзабаве ў храме здарыўся пажар, і ён быў адноўлены ў 1852 годзе. Пры гэтым царква Св.Николая захавала сваю барочную аснову - трохнефную базіліку з трохграневай алтарнай часткай. А вось першапачаткова невысокая вежа-званіца была перароблена: яна атрымала характэрны для праваслаўных храмаў купал ў выглядзе цыбулінкі на васьміграннам барабане. Дзве вітыя лесвіцы, схаваныя ў тоўшчы сцен, вялі на званіцу.
Побач з царквой Святога Мікалая размешчаны манастырскі корпус - асобна стаіць двухпавярховы будынак з мансардай ў яго паўднёвым крыле, дзе знаходзіцца каменная лесвіца, якая вядзе на другі паверх. Памяшканні манастыра - калідорная. Яны маюць крыжовыя і цыліндрычныя скляпенні. Зараз у будынку размяшчаецца сястрыцтва.
