Напачатку XVII стагоддзя пажар знішчыў драўляныя будынкі манастыра, і ў 1633 годзе князі Агінскія вылучылі сродкі на будаўніцтва новага манастыра і ўзвядзенне драўлянай царквы, якую высвянцілі ў гонар Багаяўлення Гасподняя, была таксама пабудавана «школа для навукі дзецям хрысціянскім». Новы пажар 1757 года зноў знішчыў усе манастырскія пабудовы. У 1761 годзе была закладзена новая каменная царква, сабор быў асвячоны 5 жніўня 1777 года.
Багаяўленская царква сёння ўяўляе сабою крыжова-купальны одноапсідны храм з дзвюма однаяруснымі вежамі на заходнім фасадзе. Завяршаецца царква высокім светлавым барабанам са сферычным купалам. У заходняй частцы храма над уваходам – хоры з каванай дэкаратыўнай загарадкай. Захаваліся размалёўкі, насценны жывапіс у тэхніку тэмперы другой паловы XVIII ст., маляўнічыя трохмятровыя постаці трох свяціцеляў.
Жылы корпус Г-вобразны ў плане. Ва ўсходнім крыле яго месцаваліся келлі манахаў, памяшканне для ігумена, у кутняй частцы корпуса было дзве цёплыя цэрквы – св. Кацярыны і св. Еўфрасінні. Комплекс манастыра з яўляецца помнікам архітэктуры барока з элементамі класіцызму. Мяркуюць, што пры будаўніцтве манастыра быў скарыстаны ў XVIII ст. праект вядомага пецярбургскага дойліда Джакома Кварэнгі.
У гады савецкай улады ў будынку храма была спартзала. Пасля рэстаўрацыі з 1981 г. у цэркве Багаяўлення амаль 10 гадоў была маляўнічая галерэя. У 1991 г. храм перададзены праваслаўнай епархіі і зараз з яўляецца кафедральным саборам Полацка-Глубокскай епархіі. У будынку былога братэрскага корпуса цяпер знаходзіцца Полацкі музей беларускага кнігадрукавання і Музей-бібліятэка Сімяона Полацкага. У музеі кнігадрукавання праводзяцца чытацкія канферэнцыі і сустрэчы з беларускімі літаратарамі.
