Храм моцна пацярпеў пад час Першай Сусветнай вайны. Пасля ўваходжання тэрыторыі Заходняй Беларусі ў склад Польшчы, касцёл быў адноўлены ў 1929—1930 гадах.
Пасля Другой Сусветнай вайны каталцкі прыход у Пружанах перастаў дзейчаць і ў 1951 годзе ў будынку храма быў размешчаны Палац культуры. Абсталяванне касцёла было знішчана.
У 1993 г. будынак касцёла быў вернут каталікам, пасля чаго была праведзена рэстаўрацыя. У 1998 г. храм быў паўторна асвечаны і адкрыты для наведвання.